SEdb 2.0
  1. Search
  2. Super-enhancer search result of gene-based

Gene overview

Strategies/Algorithm: overlap Ensembl ID: ENSG00000128713
Gene: HOXD11 Gene type: protein_coding
Strand: + External links:
Genomic region: chr2:176104216-176109754 Genome Browser:

Super-enhancer search result of gene-based

GREAT Download bed
SE ID SE Region Sample ID Tissue type Biosample name SE rank Element Common SNP eQTL Risk SNP TFBS CRISPR Cas9 Gene
SE_02_028400004 chr2:176072695-176119186 Sample_02_0284 Pelvis patient 119 4 1 1214 64 1 939 2155 HOXD12,HOXD11,EVX2,HOXD13,HOXD10,HOXD4,HOXD9,MIR10B,HOXD3,HOXD8
SE_02_128000065 chr2:176092561-176119430 Sample_02_1280 Bone Mesenchymal stem cells_SPC_mutation_ EF1 65 1 719 35 1 457 1615 HOXD12,HOXD11,HOXD13,HOXD10,HOXD8,HOXD4,HOXD9,EVX2,HOXD3,HOXD-AS2,MIR10B
SE_02_140400067 chr2:176094408-176110234 Sample_02_1404 Embryonic kidney HEK293_siBAHD1_WT 67 6 415 24 0 187 1029 HOXD12,HOXD13,HOXD11,HOXD8,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_01_003700814 chr2:176094631-176108619 Sample_01_0037 Liver hepatocyte 814 1 373 22 0 151 816 HOXD12,HOXD13,HOXD11,HOXD4,EVX2,HOXD10,HOXD9,MIR10B,HOXD8
SE_02_127200405 chr2:176094712-176112567 Sample_02_1272 Leiomyosarcoma SK-LMS-1_HDAC4KO 405 9 478 28 0 208 1000 HOXD12,HOXD13,HOXD11,HOXD8,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_085600548 chr2:176095968-176114885 Sample_02_0856 Glioblastoma Glioblastoma neurosphere cell_HF-3016 548 4 507 29 0 220 870 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD9,EVX2,HOXD3,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_085400481 chr2:176096189-176115158 Sample_02_0854 Glioblastoma Glioblastoma neurosphere cell_HF-2354 481 3 511 29 0 228 857 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD9,EVX2,HOXD3,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_094801026 chr2:176096210-176108593 Sample_02_0948 Pharyng Detroit562 1026 2 335 22 0 119 667 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B,HOXD3,HOXD1,KIAA1715
SE_02_094700354 chr2:176096221-176108749 Sample_02_0947 Tongue Cal27 354 2 335 22 0 119 670 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_043600145 chr2:176096267-176109815 Sample_02_0436 Kidney HEK293A_empty-vector_DMSO_6h 145 3 362 24 0 146 857 HOXD12,HOXD11,HOXD4,EVX2,HOXD10,HOXD9,MIR10B,HOXD13,HOXD8
SE_02_060500933 chr2:176096298-176116624 Sample_02_0605 Skin Skin Fibroblast_DMSO 933 5 545 32 1 260 862 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD9,EVX2,HOXD3,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B,MTX2,KIAA1715
SE_02_049101295 chr2:176096315-176107657 Sample_02_0491 Pharyng Detroit 562-Control 1295 2 321 21 0 119 478 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B,HOXD3,HOXD1,KIAA1715
SE_02_060601004 chr2:176096324-176116582 Sample_02_0606 Skin Skin Fibroblast_Nutlin3A 1004 4 541 32 0 258 857 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD9,EVX2,HOXD3,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B,MTX2,KIAA1715
SE_02_047900446 chr2:176096329-176108947 Sample_02_0479 Head and neck SCC25 446 3 333 22 0 120 732 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_01_009200802 chr2:176096330-176109065 Sample_01_0092 Vagina vagina 802 1 335 22 0 131 742 HOXD12,HOXD11,HOXD4,EVX2,HOXD10,HOXD9,MIR10B,HOXD13,HOXD8
SE_02_070100409 chr2:176096363-176109604 Sample_02_0701 Bone David_TC32 409 3 356 24 0 145 843 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_132201175 chr2:176096428-176108591 Sample_02_1322 Connective Tissue HT1080_WT 1175 3 329 22 0 119 667 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B,MTX2,HOXD3,KIAA1715
SE_02_043500260 chr2:176096897-176109046 Sample_02_0435 Kidney HEK293A_WT-MEF2B_DMSO_6h 260 2 320 22 0 129 739 HOXD12,HOXD11,HOXD4,EVX2,HOXD10,HOXD9,MIR10B,HOXD13,HOXD8
SE_02_144300347 chr2:176097084-176115361 Sample_02_1443 Lung H69M 347 3 491 29 0 231 857 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD9,EVX2,HOXD3,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_050800180 chr2:176097221-176108702 Sample_02_0508 Esophagus TT_1 180 2 309 22 0 117 667 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_051800180 chr2:176097221-176108702 Sample_02_0518 Esophagus TT_Esophagus carcinoma 180 2 309 22 0 117 667 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_148100457 chr2:176100335-176107620 Sample_02_1481 Bone MIC 457 1 207 10 0 87 309 HOXD12,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_148000033 chr2:176100425-176119408 Sample_02_1480 Bone MHH-ES-1 33 1 500 21 1 323 956 HOXD12,HOXD11,HOXD10,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD9,EVX2,HOXD3,HOXD-AS2,MIR10B
SE_02_147600448 chr2:176101015-176108817 Sample_02_1476 Bone EW-1 448 1 192 10 0 71 406 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_096300013 chr2:176101314-176141347 Sample_02_0963 Brain H3.3K27M_Tumor-derived cell-line_G477p6_cells 13 1 1030 52 4 624 2919 HOXD10,HOXD8,HOXD-AS2,HOXD11,HOXD9,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD3,MIR7704,EVX2
SE_02_147500197 chr2:176101577-176139759 Sample_02_1475 Bone CHLA-25 197 1 976 47 3 619 2763 HOXD10,HOXD8,HOXD-AS2,HOXD11,HOXD9,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD3,MIR7704,EVX2
SE_02_031800014 chr2:176102282-176142081 Sample_02_0318 Neuroblastoma NB69 14 1 1021 50 4 624 2919 HOXD10,HOXD11,HOXD8,HOXD9,HOXD4,HOXD12,EVX2,MIR10B,LOC401022,HOXD3,HOXD1,HOXD13
SE_02_148200468 chr2:176102304-176110005 Sample_02_1482 Bone POE 468 1 188 10 0 98 572 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_141001158 chr2:176102317-176107542 Sample_02_1410 Brain GSC6 1158 1 142 7 0 70 152 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_121200369 chr2:176102574-176107627 Sample_02_1212 Brain GBM30 369 1 140 7 0 66 179 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_105801088 chr2:176102635-176108805 Sample_02_1058 Bone A673_SA2 Rescue 1088 1 149 8 0 64 400 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_119700585 chr2:176102658-176109531 Sample_02_1197 Brain GBM33 585 1 172 10 0 89 549 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_147400538 chr2:176102832-176108817 Sample_02_1474 Bone CHLA-10 538 1 147 8 0 63 406 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_143200660 chr2:176102889-176110855 Sample_02_1432 Bone A673 STAG2 WT 660 1 206 10 0 106 572 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_01_009100007 chr2:176102907-176141442 Sample_01_0091 Uterus uterus 7 1 993 50 4 615 2919 HOXD10,HOXD11,HOXD8,HOXD9,HOXD4,HOXD12,EVX2,MIR10B,LOC401022,HOXD3,HOXD1,HOXD13
SE_01_011200035 chr2:176103185-176109991 Sample_01_0112 Embryonic kidney HEK293_encode 35 1 170 10 0 90 572 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B,KIAA1715
SE_02_011000993 chr2:176103203-176119929 Sample_02_0110 Ovaries IOE11 993 1 438 21 1 321 894 HOXD10,HOXD11,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,MIR10B,HOXD3,HOXD13,HOXD8
SE_01_006100258 chr2:176103210-176109618 Sample_01_0061 Prostate RWPE1 258 2 162 10 0 88 558 HOXD11,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD10,HOXD9,MIR10B,HOXD13,HOXD8
SE_02_143300906 chr2:176103244-176110371 Sample_02_1433 Bone A673 STAG2 null 906 1 178 10 0 94 572 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_148301004 chr2:176103259-176107608 Sample_02_1483 Bone RD-ES 1004 1 126 7 0 62 170 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_140500152 chr2:176103348-176109993 Sample_02_1405 Embryonic kidney HEK293_siBAHD1_W667G_mutant 152 1 161 10 0 90 572 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_111400093 chr2:176103661-176109937 Sample_02_1114 Embryonic kidney HEK293 93 1 150 9 0 85 572 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B,KIAA1715
SE_00_003800024 chr2:176103736-176176401 Sample_00_0038 Spinal cord spinal-cord_108d 24 20 1777 113 12 1301 4488 HOXD9,HOXD8,HOXD3,HOXD4,HOXD10,LOC401022,MIR10B,HOXD11,HOXD12,EVX2,HOXD1,HOXD13
SE_02_114800095 chr2:176103762-176109509 Sample_02_1148 Kidney WT 9-12_control_vehicle 95 1 141 9 0 82 549 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_102700324 chr2:176103823-176108978 Sample_02_1027 Esophagus KYSE180_1 324 1 120 7 0 61 452 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_114900299 chr2:176104368-176109538 Sample_02_1149 Kidney WT 9-12_control_Nrf2_SFN 299 1 127 8 0 66 548 HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD9,HOXD-AS2,HOXD10,MIR10B
SE_02_117700482 chr2:176107695-176119591 Sample_02_1177 Brain GBM05 482 1 300 12 1 249 652 HOXD10,HOXD11,HOXD8,HOXD13,HOXD4,HOXD9,HOXD12,EVX2,HOXD3,HOXD-AS2,MIR10B
SE_02_098900251 chr2:176108258-176130097 Sample_02_0989 Kidney kidney cortex_WT 251 1 570 27 2 457 1544 HOXD10,HOXD8,HOXD11,HOXD9,HAGLR,HOXD13,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,EVX2,HOXD3,HOXD-AS2,MIR10B
Genomic distribution of SEs associated with HOXD11
Genome Browser

The strength of the tissue affected by the gene

Expression of HOXD11

Cell line (ENCODE) Primary cell (ENCODE)Tissue (NCBI) Normal tissue (GTEx) Cell line (CCLE)