SEdb 2.0
  1. Search
  2. Super-enhancer search result of gene-based

Gene overview

Strategies/Algorithm: proximal Ensembl ID: ENSG00000221421
Gene: MIR1283-1 Gene type: miRNA
Strand: + External links:
Genomic region: chr19:53688481-53688567 Genome Browser:

Super-enhancer search result of gene-based

GREAT Download bed
SE ID SE Region Sample ID Tissue type Biosample name SE rank Element Common SNP eQTL Risk SNP TFBS CRISPR Cas9 Gene
SE_02_143400001 chr19:53569901-53664129 Sample_02_1434 Trophoblast trophoblast stem cells 1 11 3155 98 9 0 1107 ZNF331,DPRX,LOC284379,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR523,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518B,MIR525,MIR519B,MIR518F,MIR512-2,MIR520E,MIR512-1,MIR526B,MIR498,MIR520C,MIR520B,MIR518C
SE_00_003100052 chr19:53576454-53671761 Sample_00_0031 Placenta placenta 52 14 3268 87 7 0 1182 ZNF331,LOC284379,MIR512-1,MIR512-2,DPRX,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR526A1,MIR521-2,MIR517B,MIR526B,MIR525,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR520F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR520C,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518C,MIR520D
SE_02_093000017 chr19:53576789-53663387 Sample_02_0930 Mid-gestation placenta trophoblast__SynT 17 68 2918 82 6 0 1012 ZNF331,DPRX,LOC284379,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR523,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518B,MIR525,MIR519B,MIR518F,MIR512-2,MIR520E,MIR512-1,MIR526B,MIR498,MIR520C,MIR520B,MIR518C
SE_02_143500001 chr19:53580496-53659370 Sample_02_1435 Trophoblast trophoblast stem cells_MSX2_KD 1 7 2702 77 5 0 616 DPRX,LOC284379,MIR520A,MIR519E,MIR519C,MIR526A1,MIR523,ZNF331,MIR520F,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518B,MIR525,MIR519B,MIR518F,MIR512-2,MIR520E,MIR512-1,MIR526B,MIR498,MIR520C,MIR520B,MIR518C
SE_02_103200076 chr19:53582405-53658844 Sample_02_1032 Head and neck SCC1 JQ1 76 40 2626 73 5 0 616 DPRX,LOC284379,MIR520A,MIR519E,MIR519C,MIR526A1,MIR523,ZNF331,MIR520F,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518B,MIR525,MIR519B,MIR518F,MIR512-2,MIR520E,MIR512-1,MIR526B,MIR498,MIR520C,MIR520B,MIR518C
SE_02_019700032 chr19:53598696-53646481 Sample_02_0197 Stomach SNU1750 32 9 1677 46 5 0 616 DPRX,LOC284379,ZNF331,MIR515-1,MIR512-2,MIR519B,MIR520E,MIR520A,MIR1323,MIR1283-1,MIR520F,MIR519E,MIR498,MIR512-1,MIR519C,MIR526B
SE_02_124800150 chr19:53639101-53660160 Sample_02_1248 Bladder RT4 150 4 646 17 1 0 0 MIR520A,MIR519E,MIR519C,MIR526A1,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR525,LOC284379,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR512-2,MIR518C,MIR512-1,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E
SE_02_157000284 chr19:53642311-53670750 Sample_02_1570 iPSCs EiPSC 284 9 939 15 2 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR520C,LOC284379,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR521-2,MIR518C,DPRX,MIR526B,MIR520D,MIR525,MIR520E
SE_02_003600254 chr19:53642311-53674470 Sample_02_0036 Embryo H7 254 10 1074 15 2 0 244 MIR512-1,MIR512-2,MIR498,MIR1323,MIR520B,MIR519B,MIR520F,MIR526A1,MIR521-2,MIR517B,MIR520G,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR518F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1283-1,MIR518C,MIR520D,LOC284379
SE_02_157200252 chr19:53642354-53670898 Sample_02_1572 iPSCs FiPSC 252 8 944 15 2 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR520C,LOC284379,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR521-2,MIR518C,DPRX,MIR526B,MIR520D,MIR525,MIR520E
SE_02_152700377 chr19:53643800-53669646 Sample_02_1527 Embryo naive embryonic stem cell 377 12 841 14 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR520C,LOC284379,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR521-2,MIR518C,DPRX,MIR526B,MIR525,MIR520E
SE_02_032800492 chr19:53657826-53671053 Sample_02_0328 Embryo H9_naive 492 2 483 7 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR526A1,MIR521-2,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR520F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518C,MIR520D
SE_02_012400110 chr19:53658453-53672616 Sample_02_0124 Embryo Embryonic-stem-cells_Naive 110 1 515 5 1 0 201 MIR512-1,MIR1323,MIR512-2,MIR520B,MIR519B,MIR520F,MIR526A1,MIR521-2,MIR517B,MIR520G,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR518F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1283-1,MIR518C,MIR520D
SE_02_012500693 chr19:53658497-53670134 Sample_02_0125 Embryo Embryonic-stem-cells_Primed 693 2 424 5 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR526A1,MIR521-2,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR520F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518C,MIR520D
SE_02_055900588 chr19:53658509-53669792 Sample_02_0559 iPSCs FX52 iPSCs dC-T 588 7 405 5 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR520C,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR521-2,MIR518C,DPRX,MIR526B,MIR525,MIR520E
SE_02_067500207 chr19:53658510-53669831 Sample_02_0675 Embryo H1 hESC-derived neural progenitor cells_Smad_0hr 207 9 406 5 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR520C,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR521-2,MIR518C,DPRX,MIR526B,MIR525,MIR520E
SE_02_156700417 chr19:53658905-53670765 Sample_02_1567 iPSCs CiPSC 417 3 434 5 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR520C,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR521-2,MIR518C,DPRX,MIR526B,MIR520D,MIR525,MIR520E
SE_02_145700352 chr19:53659111-53670756 Sample_02_1457 Embryo HUES8 WT 352 7 431 5 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR520C,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR521-2,MIR518C,DPRX,MIR526B,MIR520D,MIR525,MIR520E
SE_02_004200073 chr19:53659703-53670978 Sample_02_0042 Embryo endodermal CyT49_ES_D0 73 2 427 5 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR526A1,MIR521-2,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR520F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518C,MIR520D
SE_02_117200629 chr19:53659851-53670767 Sample_02_1172 Embryo H9 WT 629 2 414 5 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR520C,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR521-2,MIR518C,DPRX,MIR526B,MIR520D,MIR525,MIR520E
SE_02_056000628 chr19:53660003-53669670 Sample_02_0560 iPSCs FX52_Cas9-inactive Tet1_CGG sgRNA 628 3 361 5 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520A,MIR519D,MIR526A1,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR498,MIR520F,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR523,MIR520C,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR521-2,MIR518C,DPRX,MIR526B,MIR525,MIR520E
SE_01_003300556 chr19:53660043-53669985 Sample_01_0033 Embryo H9 556 2 373 4 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR526A1,MIR521-2,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR520F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518C
SE_00_001200210 chr19:53660344-53669663 Sample_00_0012 Embryo H1-hESC 210 4 351 4 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR526A1,MIR521-2,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR520F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518C
SE_01_003100305 chr19:53660401-53669899 Sample_01_0031 Skin GM23338 305 3 358 4 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR526A1,MIR521-2,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR520F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518C
SE_02_001700778 chr19:53660583-53669968 Sample_02_0017 Embryo H9_ESC 778 3 354 4 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR526A1,MIR521-2,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR520F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518C
SE_02_041800407 chr19:53661384-53669801 Sample_02_0418 Embryo H9_Null+EZH2 407 2 320 3 1 0 147 MIR512-1,MIR512-2,MIR520B,MIR519B,MIR518F,MIR526A1,MIR521-2,DPRX,MIR526B,MIR520C,MIR520E,MIR520A,MIR519D,MIR520F,MIR519E,MIR519C,MIR517A,MIR518B,MIR523,MIR498,MIR525,MIR524,MIR515-1,MIR1323,MIR1283-1,MIR518C
Genomic distribution of SEs associated with MIR1283-1
Genome Browser

The strength of the tissue affected by the gene

Expression of MIR1283-1

Cell line (ENCODE) Primary cell (ENCODE)Tissue (NCBI) Normal tissue (GTEx) Cell line (CCLE)