SEdb 2.0
  1. Search
  2. Super-enhancer search result of gene-based

Gene overview

Strategies/Algorithm: proximal Ensembl ID: ENSG00000207803
Gene: MIR518A1 Gene type: miRNA
Strand: + External links:
Genomic region: chr19:53731006-53731090 Genome Browser:

Super-enhancer search result of gene-based

GREAT Download bed
SE ID SE Region Sample ID Tissue type Biosample name SE rank Element Common SNP eQTL Risk SNP TFBS CRISPR Cas9 Gene
SE_02_143500433 chr19:53745544-53757314 Sample_02_1435 Trophoblast trophoblast stem cells_MSX2_KD 433 1 481 14 0 0 245 MIR519A1,MIR516A1,MIR522,MIR521-1,MIR527,MIR517C,MIR516B2,MIR519D,MIR526A1,MIR518A2,MIR526A2,MIR517A,MIR516B1,MIR523,MIR1283-2,MIR524,MIR371A,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR518B,MIR521-2,MIR519A2,MIR520C,MIR520B,MIR516A2,MIR518E,MIR518F,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR525,MIR518A1,MIR518C
SE_02_143400951 chr19:53746094-53758180 Sample_02_1434 Trophoblast trophoblast stem cells 951 1 483 13 0 0 261 MIR516A1,MIR522,MIR527,MIR521-1,MIR519A1,MIR517C,MIR516B2,MIR519D,MIR526A1,MIR518A2,MIR526A2,MIR517A,MIR516B1,MIR523,MIR1283-2,MIR524,MIR371A,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR518B,MIR521-2,MIR519A2,MIR520C,MIR520B,MIR516A2,MIR518E,MIR518F,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR525,MIR518A1,MIR518C
SE_02_082200024 chr19:53762010-53775439 Sample_02_0822 Haematopoietic and lymphoid tissue SET-2_insR_DMSO 24 2 520 34 0 0 48 MIR519A2,MIR517C,MIR516B2,MIR519D,MIR518A2,MIR519A1,MIR526A2,MIR517A,MIR516B1,NLRP12,MIR1283-2,MIR516A1,MIR371A,MIR521-1,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR527,MIR521-2,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR518A1
SE_02_082300023 chr19:53762395-53782569 Sample_02_0823 Haematopoietic and lymphoid tissue SET-2_insR_GSK-LSD1 23 3 758 41 0 0 18 MIR519A2,MIR517C,MIR516B2,MIR519D,MIR518A2,MIR519A1,MIR526A2,MIR516B1,NLRP12,MIR1283-2,MIR516A1,MIR371A,MIR521-1,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR527,MIR521-2,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR518A1
SE_02_012400964 chr19:53766180-53776384 Sample_02_0124 Embryo Embryonic-stem-cells_Naive 964 1 374 30 0 0 0 MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR516B2,MIR520G,MIR516B1,MIR518A1,MIR517C,NLRP12,MIR518A2,MIR516A1,MIR526A2,MIR519A1,MIR521-2,MIR1283-2,MIR371,MIR521-1,MIR518D,MIR520D,MIR373,MIR527,MIR519A2
SE_02_143400831 chr19:53767682-53776838 Sample_02_1434 Trophoblast trophoblast stem cells 831 1 332 26 0 0 0 MIR517C,MIR516B2,MIR518A2,MIR519A1,MIR526A2,MIR516B1,NLRP12,MIR1283-2,MIR516A1,MIR371A,MIR521-1,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR527,MIR519A2,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR518A1
SE_02_075200170 chr19:53768015-53777915 Sample_02_0752 Embryo ES-derived progenitors_DE_wild type 170 1 349 28 0 0 0 MIR517C,MIR516B2,MIR518A2,MIR519A1,MIR526A2,MIR516B1,NLRP12,MIR1283-2,MIR516A1,MIR371A,MIR521-1,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR527,MIR519A2,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR518A1
SE_02_075500218 chr19:53768030-53778241 Sample_02_0755 Embryo ES-derived progenitors_DE FOXA2 -/- 218 1 368 29 0 0 0 MIR517C,MIR516B2,MIR518A2,MIR519A1,MIR526A2,MIR516B1,NLRP12,MIR1283-2,MIR516A1,MIR371A,MIR521-1,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR527,MIR519A2,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR518A1
SE_02_075300817 chr19:53768051-53776462 Sample_02_0753 Embryo ES-derived progenitors_FG type 817 2 309 26 0 0 0 MIR517C,MIR516B2,MIR518A2,MIR519A1,MIR526A2,MIR516B1,NLRP12,MIR1283-2,MIR516A1,MIR371A,MIR521-1,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR527,MIR519A2,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR518A1
SE_02_075700608 chr19:53768090-53785849 Sample_02_0757 Embryo ES-derived progenitors_FOXA2 -/- 608 5 620 31 1 0 0 MIR517C,MIR516B2,MIR518A2,MIR519A1,MIR526A2,MIR516B1,NLRP12,MIR1283-2,MIR516A1,MIR371A,MIR521-1,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR527,MIR519A2,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR518A1
SE_02_004200144 chr19:53768266-53791900 Sample_02_0042 Embryo endodermal CyT49_ES_D0 144 5 882 39 1 0 173 MIR372,MIR371,MIR373,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR517B,MIR516B2,MIR520G,MIR516B1,MIR518A1,MIR517C,NLRP12,MIR518A2,MIR516A1,MIR526A2,MIR519A1,MIR1283-2,MIR521-1,MIR518D,MIR520D,MIR527,MIR519A2
SE_00_002400381 chr19:53768276-53791718 Sample_00_0024 Embryo mesendoderm 381 11 873 39 1 0 173 MIR372,MIR371,MIR373,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR517B,MIR516B2,MIR520G,MIR516B1,MIR518A1,MIR517C,NLRP12,MIR518A2,MIR516A1,MIR526A2,MIR519A1,MIR1283-2,MIR521-1,MIR518D,MIR520D,MIR527,MIR519A2,MYADM
SE_02_003800451 chr19:53768278-53793321 Sample_02_0038 Embryo DE 451 9 965 47 1 0 173 MIR372,MIR371,MIR373,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR517B,MIR516B2,MIR520G,MIR516B1,MIR518A1,MIR517C,NLRP12,MIR518A2,MIR516A1,MIR526A2,MIR519A1,MIR1283-2,MIR521-1,MIR518D,MIR520D,MIR527,MIR519A2
SE_02_004300114 chr19:53768379-53791837 Sample_02_0043 Embryo endodermal CyT49_ES_D2 114 12 873 39 1 0 173 MIR372,MIR371,MIR373,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR517B,MIR516B2,MIR520G,MIR516B1,MIR518A1,MIR517C,NLRP12,MIR518A2,MIR516A1,MIR526A2,MIR519A1,MIR1283-2,MIR521-1,MIR518D,MIR520D,MIR527,MIR519A2
SE_02_074400457 chr19:53769032-53781448 Sample_02_0744 Embryo ES derived cardiac mesoderm_day5 457 9 445 29 0 0 0 MIR517C,MIR516B2,MIR518A2,MIR519A1,MIR526A2,MIR516B1,NLRP12,MIR1283-2,MIR516A1,MIR371A,MIR521-1,MIR518D,MIR371B,MIR520D,MIR373,MIR527,MIR519A2,MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR520G,MIR518A1
SE_01_003300354 chr19:53770295-53786024 Sample_01_0033 Embryo H9 354 3 566 30 1 0 0 MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR517B,MIR516B2,MIR520G,MIR516B1,MIR518A1,MIR517C,NLRP12,MIR518A2,MIR516A1,MIR526A2,MIR519A1,MIR1283-2,MIR371,MIR521-1,MIR518D,MIR373,MIR527,MIR519A2
SE_01_003100183 chr19:53771506-53786004 Sample_01_0031 Skin GM23338 183 3 521 30 1 0 0 MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR516B2,MIR520G,MIR516B1,MIR518A1,MIR517C,NLRP12,MIR518A2,MIR516A1,MIR526A2,MIR519A1,MIR1283-2,MIR371,MIR521-1,MIR518D,MIR373,MIR527,MIR519A2
SE_00_001300491 chr19:53772405-53785848 Sample_00_0013 Embryo H9 491 4 488 29 1 0 0 MIR522,MIR516A2,MIR518E,MIR520H,MIR372,MIR516B2,MIR519A1,MIR518A1,MIR517C,NLRP12,MIR518A2,MIR516A1,MIR526A2,MIR516B1,MIR1283-2,MIR371,MIR521-1,MIR518D,MIR373,MIR527,MIR519A2
SE_02_143400192 chr19:53777706-53793088 Sample_02_1434 Trophoblast trophoblast stem cells 192 1 628 19 1 0 173 MIR371B,MIR371A,MIR373,MIR372,MIR517C,MIR527,NLRP12,MIR518A2,MIR1283-2,MIR518A1,MIR516A1,MIR518D,MIR522,MIR519A2,MIR521-1,MIR516A2,MIR516B1,MIR518E,MIR519A1,MIR520H
SE_02_143500215 chr19:53778293-53792160 Sample_02_1435 Trophoblast trophoblast stem cells_MSX2_KD 215 1 558 11 1 0 173 MIR371B,MIR371A,MIR373,MIR372,MIR517C,MIR527,NLRP12,MIR518A2,MIR1283-2,MIR518A1,MIR516A1,MIR518D,MIR522,MIR519A2,MIR521-1,MIR516A2,MIR516B1,MIR518E,MIR519A1,MIR520H
SE_02_012400175 chr19:53779091-53792003 Sample_02_0124 Embryo Embryonic-stem-cells_Naive 175 1 518 11 1 0 173 MIR372,MIR371,MIR373,MIR522,MIR521-1,MIR516B1,MIR518E,MIR518A1,MIR517C,MIR520H,MIR518D,NLRP12,MIR518A2,MIR519A1,MIR516A1,MIR527,MIR516A2,MIR1283-2,MIR519A2
SE_02_157200883 chr19:53780989-53786260 Sample_02_1572 iPSCs FiPSC 883 1 186 2 1 0 0 MIR517C,MIR373,MIR527,NLRP12,MIR518A2,MIR372,MIR1283-2,MIR516A1,MIR518D,MIR522,MIR519A2,MIR521-1,MIR516A2,MIR516B1,MIR371A,MIR518A1,MIR371B,MIR519A1,MIR520H
Genomic distribution of SEs associated with MIR518A1
Genome Browser

The strength of the tissue affected by the gene

Expression of MIR518A1

Cell line (ENCODE) Primary cell (ENCODE)Tissue (NCBI) Normal tissue (GTEx) Cell line (CCLE)