SEdb 2.0
  1. Search
  2. Super-enhancer search result of gene-based

Gene overview

Strategies/Algorithm: overlap Ensembl ID: ENSG00000237380
Gene: HOXD-AS2 Gene type: lncRNA
Strand: - External links:
Genomic region: chr2:176121611-176137098 Genome Browser:

Super-enhancer search result of gene-based

GREAT Download bed
SE ID SE Region Sample ID Tissue type Biosample name SE rank Element Common SNP eQTL Risk SNP TFBS CRISPR Cas9 Gene
SE_02_096300013 chr2:176101314-176141347 Sample_02_0963 Brain H3.3K27M_Tumor-derived cell-line_G477p6_cells 13 1 1030 52 4 624 2919 HOXD10,HOXD8,HOXD-AS2,HOXD11,HOXD9,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD3,MIR7704,EVX2
SE_02_147500197 chr2:176101577-176139759 Sample_02_1475 Bone CHLA-25 197 1 976 47 3 619 2763 HOXD10,HOXD8,HOXD-AS2,HOXD11,HOXD9,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD3,MIR7704,EVX2
SE_02_105800122 chr2:176119183-176141233 Sample_02_1058 Bone A673_SA2 Rescue 122 1 561 31 3 319 2104 HOXD10,HOXD8,HOXD-AS2,HOXD9,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,EVX2
SE_02_148000040 chr2:176119526-176141530 Sample_02_1480 Bone MHH-ES-1 40 1 560 31 3 305 2061 HOXD10,HOXD8,HOXD-AS2,HOXD9,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,EVX2
SE_02_128000128 chr2:176119550-176141439 Sample_02_1280 Bone Mesenchymal stem cells_SPC_mutation_ EF1 128 1 558 31 3 304 2060 HOXD10,HOXD8,HOXD-AS2,HOXD9,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,EVX2
SE_02_140500272 chr2:176124313-176141005 Sample_02_1405 Embryonic kidney HEK293_siBAHD1_W667G_mutant 272 3 425 23 2 189 1601 HOXD9,HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_061300629 chr2:176124392-176141232 Sample_02_0613 Liposarcoma MLPS_T1 629 6 428 23 3 184 1589 HOXD9,HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_045200457 chr2:176124874-176143309 Sample_02_0452 Skin hTERT immortalised human skin fibroblasts_Non-tumourigenic 457 8 463 29 3 179 1481 HOXD9,HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_148300852 chr2:176124944-176140554 Sample_02_1483 Bone RD-ES 852 6 396 22 2 171 1464 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_106100488 chr2:176125259-176141191 Sample_02_1061 Bone TC71_WT 488 8 405 23 3 173 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_148800489 chr2:176125259-176141191 Sample_02_1488 Bone TC-71 489 8 405 23 3 173 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_061100180 chr2:176125495-176141074 Sample_02_0611 Liposarcoma DDLPS_T1 180 5 394 23 3 173 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_062900336 chr2:176126780-176140584 Sample_02_0629 Gastrointestinal Stromal GIST-T1_DMSO 336 2 345 20 2 141 1452 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_156600633 chr2:176127227-176141237 Sample_02_1566 Dermal Dermal fibroblast 633 3 351 19 2 138 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_158400515 chr2:176127236-176141319 Sample_02_1584 Brain U87 GBM_Mock 515 2 353 19 2 138 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_088300542 chr2:176127244-176141009 Sample_02_0883 Ovary SVOG3e_cells_Dox_12h_transduced with V5-FOXL2 C134W 542 3 348 19 1 138 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_088000477 chr2:176127244-176141087 Sample_02_0880 Ovary SVOG3e cells_noDox_transduced_V5-FOXL2_WT 477 3 350 19 2 138 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_088100568 chr2:176127265-176141098 Sample_02_0881 Ovary SVOG3e cells_Dox_12h_transduced_V5-FOXL2_WT 568 2 350 19 2 138 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_087800458 chr2:176127286-176141128 Sample_02_0878 Ovary SVOG3e cells_noDox_control 458 3 350 19 2 138 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_117700130 chr2:176127298-176141393 Sample_02_1177 Brain GBM05 130 1 353 19 2 138 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_095000390 chr2:176127329-176142717 Sample_02_0950 Umbilical vein HUVEC_WT 390 5 386 21 2 129 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_045100545 chr2:176127332-176141105 Sample_02_0451 Skin in vitro transformedskin fibroblasts_tumourigenic 545 4 350 19 2 127 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_087900519 chr2:176127337-176141127 Sample_02_0879 Ovary SVOG3e cells_Dox_12h_control 519 3 350 19 2 127 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_061400452 chr2:176127633-176141371 Sample_02_0614 Liposarcoma MLPS_T2 452 4 343 18 2 126 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_00_005500641 chr2:176127635-176140878 Sample_00_0055 Spleen spleen 34y 641 8 333 18 1 126 1453 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_088200443 chr2:176127641-176141176 Sample_02_0882 Ovary SVOG3e_cells_noDox_transduced with V5-FOXL2 C134W 443 3 340 18 2 126 1452 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_095400280 chr2:176127820-176141237 Sample_02_0954 Brain H3.3K27WT_2192 280 2 335 18 2 125 1424 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_110700520 chr2:176127843-176141406 Sample_02_1107 Brain SK-N-AS 520 1 339 18 2 125 1422 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_143200128 chr2:176127856-176141394 Sample_02_1432 Bone A673 STAG2 WT 128 1 338 18 2 125 1420 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_085600295 chr2:176128217-176140952 Sample_02_0856 Glioblastoma Glioblastoma neurosphere cell_HF-3016 295 3 320 18 1 121 1391 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_083100622 chr2:176128250-176141271 Sample_02_0831 Umblical vein HUVECs_TNF0min 622 5 324 18 2 121 1384 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_081900977 chr2:176128287-176141138 Sample_02_0819 Ovary Mucinous ovarian cancer 977 4 322 18 2 121 1378 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_044400831 chr2:176128471-176141442 Sample_02_0444 Bone osteosarcoma tumor P10 831 3 319 17 2 121 1341 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_063100236 chr2:176128787-176140319 Sample_02_0631 Gastrointestinal Stromal GIST-T1_JQ1 236 1 281 16 1 118 1241 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_117900383 chr2:176129016-176139461 Sample_02_1179 Brain GBM08 383 3 253 13 1 112 1061 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_063000346 chr2:176129034-176140615 Sample_02_0630 Gastrointestinal Stromal GIST-T1_Imatinib 346 2 284 16 1 115 1242 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_117500551 chr2:176129769-176141164 Sample_02_1175 Brain GBM03 551 6 287 17 2 98 1091 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_105900594 chr2:176130238-176141579 Sample_02_1059 Bone A673_WT 594 1 286 16 2 97 968 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_147300598 chr2:176130238-176141579 Sample_02_1473 Bone A-673 598 1 286 16 2 97 968 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_098900589 chr2:176130264-176141331 Sample_02_0989 Kidney kidney cortex_WT 589 1 280 16 2 96 963 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_110400200 chr2:176130264-176142065 Sample_02_1104 Brain NB-69 200 1 301 16 2 97 963 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_110900469 chr2:176130286-176141648 Sample_02_1109 Brain SK-N-FI 469 1 288 16 2 97 952 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_144800430 chr2:176131418-176141192 Sample_02_1448 Adipose SW872_YAP5SA 430 2 241 15 2 85 737 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_110500571 chr2:176132094-176142016 Sample_02_1105 Brain NBL-S 571 1 248 15 2 71 674 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_123700392 chr2:176132203-176141472 Sample_02_1237 Skin MKL2_virus_positive 392 1 229 15 2 70 668 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_123900390 chr2:176132213-176141526 Sample_02_1239 Skin Waga_virus_positive 390 2 230 15 2 70 668 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_058500796 chr2:176132255-176141532 Sample_02_0585 Umbilical vein HUVEC 0hour 796 6 230 15 2 70 664 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_108000341 chr2:176132257-176140605 Sample_02_1080 Muscle JR1 shCtrl 341 4 209 14 1 67 664 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_151800430 chr2:176132399-176141157 Sample_02_1518 Umbilical vein HUVEC_Scr 430 4 223 15 2 69 657 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_079500496 chr2:176132424-176141265 Sample_02_0795 Brain 1953 496 3 224 15 2 69 652 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_147101043 chr2:176132424-176141288 Sample_02_1471 Blood Outgrowth Endothelia BOEC 1043 2 225 15 2 69 652 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_147800562 chr2:176132693-176141487 Sample_02_1478 Bone EW-3 562 1 220 15 2 69 630 HOXD8,HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,HOXD11,HOXD3,MIR7704,HOXD10,EVX2
SE_02_143300842 chr2:176134207-176141360 Sample_02_1433 Bone A673 STAG2 null 842 1 175 12 2 58 602 HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD8,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,MIR7704,HOXD11,HOXD3,HOXD10
SE_02_055500900 chr2:176134216-176141177 Sample_02_0555 Other HAP1_WT 900 3 171 12 2 57 602 HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD8,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,MIR7704,HOXD11,HOXD3,HOXD10
SE_02_142600807 chr2:176134538-176141462 Sample_02_1426 Shoulder fibroblast_341 807 1 167 10 2 56 602 HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD8,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,MIR7704,HOXD11,HOXD3,HOXD10
SE_02_141001341 chr2:176134730-176141272 Sample_02_1410 Brain GSC6 1341 1 155 10 2 55 594 HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD8,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,MIR7704,HOXD11,HOXD3,HOXD10
SE_02_118900466 chr2:176134886-176141220 Sample_02_1189 Brain GBM22 466 4 149 10 2 55 582 HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD8,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,MIR7704,HOXD11,HOXD3,HOXD10
SE_02_123600340 chr2:176135054-176141271 Sample_02_1236 Skin MKL1_virus_positive 340 1 148 10 2 53 552 HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD8,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,MIR7704,HOXD11,HOXD3,HOXD10
SE_02_118200445 chr2:176135099-176141216 Sample_02_1182 Brain GBM11 445 1 147 10 2 51 550 HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD8,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,MIR7704,HOXD11,HOXD3,HOXD10
SE_02_081700541 chr2:176135246-176141205 Sample_02_0817 Ovary Epithelial ovarian cancer 541 1 146 10 2 50 535 HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD8,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,MIR7704,HOXD11,HOXD3,HOXD10
SE_02_128300546 chr2:176135290-176141180 Sample_02_1283 Lung NCI-H2107_p8-15 546 1 143 10 2 50 527 HOXD-AS2,HAGLR,HOXD1,HOXD8,HOXD13,MIR10B,HAGLROS,HOXD4,HOXD9,HOXD12,MIR7704,HOXD11,HOXD3,HOXD10
Genomic distribution of SEs associated with HOXD-AS2
Genome Browser

The strength of the tissue affected by the gene

Expression of HOXD-AS2

Cell line (ENCODE) Primary cell (ENCODE)Tissue (NCBI) Normal tissue (GTEx) Cell line (CCLE)